ゲノム解析

ここ1週間で続けてゲノム解析関連の論文や記事を読むことがあったのでメモ。

NEJM - Genomic Medicine

Lancet - Clinical assessment incorporating a personal genome. Lancet. 2010 May 1;375(9725):1497-8.

ギズモード　ゲノムを解析したら、どんな病気になりそうか知ってしまった...

NEJMの論文曰く、「ヒト全ゲノムを解析するのに千ドルくらいしかかからなくなるのは時間の問題」だそうです。そんなにお手軽に出来る時代になっていたのですね・・・。Lancetの論文はある男性の全ゲノムを解析して（その男性の）将来の疾病リスクを評価する試み。全ゲノムの解析が安く出来るようになれば、このようにリスク予測や薬剤選択などに解析結果を活用しようという研究は増えてきそうですし、臨床現場でも用いられるようになるでしょう。これからゲノム解析の結果が臨床において活用される場面は徐々に増えてきそうです。NEJMの論文では臨床医に対する警告として

「結果を正しく解釈してそれに基づいて行動できないのならば検査するな」

「検査は非常に正確だけれども、大量の情報を処理する以上大量のエラーも混じりうる」

の二つがなされていました。ギズモードの記事は深く考えることなく検査を受けてしまった記者が書いた記事で、一番目の警告がぴったり当てはまりそうです。すごく悪い結果が出ることだって有り得るのに、それに対して何も出来ないとしたら何の為に検査を受けた事になるのでしょうか？　単に不安になるだけではないでしょうか？

臨床研究に対する影響はどうでしょうか？

Evidence-based medicineは多くの患者に対して平均的に効果があった治療法を良し、とするものです。それに対してゲノム解析は必然的にpersonalized medicine (個人にあわせた医療）への流れを加速していくでしょう。この二つを融和させていくのは難しそうです。

NEJMの論文からの提言は

「臨床研究への参加者から遺伝子情報を収集してさらなる研究に繋げるのが第一歩」だそうですが…。そうすると今後遺伝子情報に基づいたSubgroup analysisを山盛りにした治験結果を見ることになるんでしょうか？　ちょっとうんざりな気もします。

遺伝子情報に基づいて参加者を選別して臨床研究を行う、などの手法もありそうですが。。。お金がかかり、しかも参加者を集めるのが大変な割に結果を広く応用できない危険性もありそうです。

うーん、難しいですね。

いずれにせよ大規模データを扱う機会は増えそうなので、真面目に統計の勉強をしておこうと思いました。まる。

Kindle DXを使って論文を読んでみた

Kindle DXをポチッとな♪と購入しました！

主な目的は外出中または家で論文を読むこと。いちいちプリントアウトするのは面倒なので、論文はいつもパソコンの画面で読んでいたのですが、それだと目が疲れます。それに、ちょっとした外出だとノートパソコンを持って出るのも面倒くさい。そこで手軽なデバイスで目が疲れにくいものを探していたのですが、結局Kindle DXに決めました。

Kindle DXに決めた主な理由は画面が大きいこと。PDFファイルをパソコンからKindle DXに移して読む、という使い方になるのですが、PDFファイルをKindleで読む場合は、Kindle storeで購入した書籍と異なり、文字の大きさの変更が出来ません。そうすると、通常のサイズのKindleでは文字が小さくなりすぎてしまって読みにくいのです。

iPadも随分悩んだのですが。。。よくできすぎていてやめました(^^;)　UCLAのAckermanで展示品に触ってみて確信しました。あんなに高性能だと絶対にゲームしたりネットサーフィンしたりしてしまって仕事になりません。僕は自分のそういっただらしなさに絶対の信頼を置いているのです。

さて、Kindle DXを使ってみた感想です。

1．眼は疲れないし、文字サイズもちょうどいい。

２．ファイル管理がダメすぎる。　
僕は論文のファイル名はPubmed IDにして、ファイル管理はEndnoteとMindmanager（mindmap作成用ソフト）を組み合わせて使っています。ですが、Kindle DXの場合、ファイルは全て一つのフォルダに入っているだけでファイルを管理するソフトや検索機能は使えません。メニューに表示される際はファイル名だけなので、ファイル名がPubmed IDのままだと全くどんな内容のファイルだか分かりません。（Kindle DXにPDFファイルをコピーする際、名前を変更して使っています。）それに、ファイル数が増えすぎると読みたいものを探すのも面倒になるので、いつもファイル数を少なめに保っています。

３．論文を読んでも線を引いたりメモを書き込んだり出来ない。　
線を引いたりメモを書き込んだりしたくなったら、結局読み終わった後パソコンからPDF Xchange Viewerを立ち上げる羽目に。

４．紙をめくる感覚で行ったり来たりできない。
ページの切り替えにタイムラグが１秒少しあるので、数ページちょっと戻って何か確認する、という読み方がしにくい。論文でDiscussion sectionを読んでいるときにresultsやmethodをちょっとチェックしたくなることがよくあるのですが、数ページ戻ろうと思うと10秒近くかかることもあります。これでは実用に耐えない。

５．英語の勉強にとても役立つ。
新聞や雑誌の定期購読は意外に便利。テキストの読み上げ機能も時々不自然なところがあるけれども、全体的に合格点。英英辞典がついているのもｲｲ！

６．バッテリーの持ちは異常に長い。

Kindleは頭から尻尾まで丹念に読むタイプの文章（小説など）には向いていそうですが、論文を読んだりするのにはあまり向いてなさそうです。

結局論文を読むよりも、英語の勉強の為に新聞や雑誌を読む、という使い方がメインになりそうです。そういう意味では論文を読む、という本来の目的は達成できず、でも思ったよりも英語学習に役立ちそうなのでまあ満足です。

米国老年病医学会

フロリダで開催されたAmerican Geriatrics Society annual meeting （米国老年病医学会でしょうか？）に出席してきました。

米国では皆がAGSと呼ぶこの学会とGSAと呼ばれるGerontological Society of Americaの二つがメジャーです。去年はGSAに参加したのですが、今年はAGSに参加することに。

学会会場はフロリダはオーランドのディズニードルフィンホテル。ディズニーテーマパークのちょうど中心です。お父さんお母さんが学会に参加している間に家族が遊びに行けるように、との優しい心遣いが一人で参加した僕の心に染みいります。

学会場ではピッツバーグで一緒に研修した仲間や日本から参加された先生、今のUCLA/VAから参加した先生などとの思いがけない出会いも有りなかなか充実した3日間でした。

Master's Thesis

Master's Thesis 書き終わりました！　

研究のテーマは認知症に関連する問題行動。どういった因子がその問題行動に関連しているかをCross sectional dataを使って調べるというものです。

基本の統計解析はmixed effect logistic regression modelだったのですが、欠損値をmultiple imputationで推定したり、変数選択を行ったりしたので結構複雑な形に。

大丈夫かな～と思っていたのですが、教授に見せたところ、（色々つっかみたい所はあるけど）全体的に良くできているのでDegreeは問題ない、と言われたました！

長かった2年間の学生生活もようやく終わりが見えてきました！